收到赔偿款入账流程如下：

1，在采购入库前发现，如果此时发现，对方同意给予补偿，应当冲减采购成本。

2，在采购入库后发现，但尚未投入使用，此时对方同意补偿，仍应当冲减存货成本，同时追究责任。

3，在采购入库后，因部分投入使用发现，此时对方同意补偿，应当分别冲减原材料成本以及冲减制造费用等，并追究责任。