应该如下清理挖掘机水箱：

1、启动挖掘机，使之升至正常水温。缓慢打开水箱盖，把水箱清洗剂摇匀后从水箱加注口加入，该清洗剂可与任何品牌冷却液混合。怠速运行不少于15分钟，两年未清洗车辆不少于30分钟。

2、过一段时间之后排出冷却液，用水冲洗水箱，直至流出清水，适用于任何水循环系统。在清洗完以后，待管路复原后把水箱清洗剂加入水箱，再注入新冷却液和净水即可。