抗虫棉主要是防控棉铃虫，专门破坏棉铃虫等鳞翅目害虫的消化系统，导致其死亡，而对人畜无害。

抗虫棉目前分为转基因单价抗虫棉和转基因双价抗虫棉。转基因单价抗虫棉是将一种细菌来源的、可专门破坏棉铃虫消化道的Bt杀虫蛋白基因经过改造，转到了棉花中，使棉花细胞中存在这种杀虫蛋白质，专门破坏棉铃虫等鳞翅目害虫的消化系统，导致其死亡，而对人畜无害的一种抗虫棉花。其核心技术于1995年申请国家发明专利，1998年正式授权，2001年该专利被国际知识产权组织及国家知识产权局授予发明专利金奖。