三证合一后，国税系统还是默认旧税号的，所以开出去的发票依然能使用。在国税系统变更到新税号之前（专管员会通知你的），建议将所有的进项发票认证，变更之后，国税的扣款协议需要重新签订，开票系统需要升级（开出去的发票税号就会变成新税号了，有些地方可能不用升级，具体参考当地或者询问专管员），发票专用章需要重新刻录，进项发票的自己的税号需要变成新税号（要及时通知客户，不然旧税号可能会影响认证的）