企业员工工资不能抵扣增值税的，增值税抵扣：应交的税费=销项税-进项税。税法规定的扣税凭证有：增值税专用发票，海关完税凭证，免税农产品的收购发票或销售发票，货物运输业统一发票（或者部分实施“营改增”地区的运输业增值税发票）。