不能办理网上值机的原因有：

1、经停航班不能办理网上值机，因为经停航班可能会有一些其它的事件发生，所以只能到柜台办理值机。

2、有可能是网络故障的原因。

3、或者是时间还未到航班起飞前的24小时内的原因，航班起飞前24小时内才可以在网上办理值机。