三亚河是咸淡水交汇的河流，其实原先的时候有很多海洋鱼类和淡水鱼类在里面生活的，因为目前污染严重了，很多海洋鱼类活不下去渐渐离开而回到了大海，目前三亚河主要多的是一些尖嘴鱼，小型鲷类，鲳鱼、河豚，还有一些咸淡水的福寿鱼等。2005年之前三亚河生活着龙虾、海鲤等，还有一些珍稀的鱼类，因为近几年生活污水都排放到三亚河里，而且人工开挖河周边环境破坏，加上三亚人流聚集，造成周边红树林大片死亡，三亚河的生物链严重破坏了，现在看到三亚河就跟看到污水厂污水一样，不再是以前清澈的海水了。