机动车发票在税务系统认证有两种方式：

1、用软件、扫描认证，这种方式，在扫描软件上有机动车销售统一发票扫描认证的界面，在该界面下认证即可。

2、网上勾选认证，这种方式下，机动车销售统一发票与增值税专用发票同时列出，供勾选认证。