农村土地使用合同是可以补办的。

农村土地使用合同补办流程：

(一)向所在乡镇的土地管理所递交补办土地使用合同的申请；

(二)当地相关部门会派人前去核实自发证起房子是否保持现状及有没有扩建等情况；

(三)相关部门核实确认后，需要登报说明遗失情况；

(四)按当地土地管理所要求携带资料前去补办。