从本地税务机关的官网上面下载软件《自然人税收管理系统扣缴客户端》；

在电脑上进行安装。

进行扣缴单位基本信息录入。按照提示录入企业代码、已实名认证人员（申报操作人员）信息、设置登录密码，然后登录软件。

进行“人员信息采集”，完成对本单位员工个人基本信息的录入。

可以逐个录入信息，也可以下载导入模板，在模板中填写然后批量导入软件中。

在进行收入和扣缴税款数据录入。一般日常操作通过《扣缴所得税报告表》进行，可以逐个员工录入，也可以批量导入。

申报数据录入、保存以后，就可以点击“申报表报送”，选择需要报送的申报表，点击“发送申报”，然后点击“下一步，税款缴纳”，按提示完成操作就可以了。