法院运用间接证据定案应遵循的规则是：

1、间接证据必须客观真实。

2、间接证据必须与案件事实存在客观联系。

3、间接证据之间以及间接证据与案件事实之间必须协调一致。

4、所有查证属实，准确可靠的间接证据结合起来，只能得出一个结论，证明一个唯一的事实，并且排除了其他一切可能性。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第四十六条规定没有被告人供述只要证据确实充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚的原则。