柠檬籽发芽后还是可以吃的。柠檬里面的籽发芽这是柑桔科植物的特有现象。柠檬属于芸香科，种子无毒，发芽后也不会产生毒素。不过，发芽过程中，果肉的营养会转化为支持果核发芽的养料，供小芽生长，因此，柠檬里面的果肉的营养成分会降低。水果要新鲜吃，放久了营养成分也会流失。