1、价格不一样。淘宝网上的旗舰店的价格都是固定的，没有讲价这种说法。实体店的价格不固定，随时可以讲价。

2、含义不同。淘宝网上的旗舰店指淘宝上某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店。实体店指专门经营或授权经营某一主要品牌商品（制造商品牌和中间商品牌）为主的零售业形态。