在公司进行改制的时候，也可以通过法院来进行办理。因为这也属于法院受理的范围。

因企业改制引发的纠纷，只要实质上符合法院受理民事案件的条件，形式上符合《民事诉讼法》第一百零八条的规定，人民法院都应当依法受理。

但是对于那些改制过程中，政府及有关主管部门等起决定性因素，并非企业和职工之间基于平等民事主体关系发生的纠纷，人民法院还是不宜作为民事案件受理。

【法律依据】

根据《最高人民法院劳动争议司法解释(三)》第二条规定，因企业自主进行改制引发的争议，人民法院应予受理。