注册公司房产税的计算方法是按租金的12%或房子原值的1.2%计算纳房产税。房产税是以房屋为征税对象，按房屋的计税余值或租金收入为计税依据，向产权所有人征收的一种财产税。征收范围限于城镇的经营性房屋。区别房屋的经营使用方式规定征税办法，对于自用的按房产计税余值征收，对于出租房屋按租金收入征税。