分公司开票总公司收款具体要看你们做账是怎么分的。分公司单独核算还是纳入总公司核算的，如果单独做账，那你和总公司就有一笔未收款的账。如果是纳入一起做账的，收入也就可以纳入进去，税金也是总公司缴纳，那可以放一张做。

分公司分录：

借：应收账款-购买方贷：主营业务收入应交税费-应交增值税。

借：其他应收款—总公司贷：应收账款-购买方。

总公司分录：

借：银行存款贷：其他应付款—分公司。

付款时：借：其他应付款—分公司贷：银行存款。