尿液的细菌是小于100000个/ml正常。当清洁中段尿菌数超过100000个/ml，可诊断为尿路感染。常见的病原微生物有金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肠球菌、淋病奈瑟菌、产气肠杆菌、铜绿假单胞菌、白色念珠菌等。