个体户和员工签的入股协议是有效的，根据《合同法》等相关规定，有效协议必须具备以下条件：

(1)当事人订立合同时具有相应的缔约行为能力。

(2)当事人意思表示真实。

(3)内容不违反法律或社会公共利益。

只要符合以上要求的即为有效。