办理海口烟草证需要经营商店的法人要持有效证件到当地烟草局申请办理。根据《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》及《烟草专卖许可证管理办法》：第九条取得烟草专卖零售许可证，应当具备下列条件：

1、有与经营烟草制品零售业务相适应的资金；

2、有固定的经营场所；

3、符合烟草制品零售点合理布局的要求；

4、国务院烟草专卖行政主管部门规定的其他条件。

具体流程：

经营商店的法人持有效证件申请、烟草相关部门进行考察、符合或者不符合给予答复、符合的通知提交相关手续、领证。