食品级的六偏磷酸钠中会有微量的重金属铅等，还有砷，砷会引起以皮肤色素脱失、着色、角化及癌变为主的全身性的慢性中毒。

但是这些危害都是在长期接触的情况下才有可能有的，国家都是在经过大量的动物实验和实际情况才制定出食品级六偏磷酸钠中这些物质的最低标准的，一般在国家制定的最低含量以下不会出现上述的毒副作用。