个人独资企业个人所得税的算法是以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。税务机关对个人独资企业个人所得税的征收方法有二种，一种是查账征收适用于会计核算比较齐全的，另一种是核定征收，具体采用哪种征收方法由主管税务机关确定。