东京有东京大学、早稻田大学、庆应义塾大学和东京工业大学均为亚洲著名的高等学府，另外还有一桥大学，东京外国语大学，东京医科齿科大学，上智大学，东京艺术大学，东京理科大学，御茶水女子大学，首都大学东京，明治大学，中央大学等名校。在2016CWUR世界大学排名中，东京大学位列第13位，庆应义塾大学位列第33位，早稻田大学位列第37位。