在南少林的争论中，拥有最多赞同者的是三座古寺，一为泉州少林寺，一为莆田少林寺，一为福清少林寺（福建出现了六座少林寺，仙游的九座寺、诏安的长林寺、福清少林寺、东山的古来寺、泉州东禅少林寺以及莆田林泉院）。南少林，大量的资料显示其的确存在过，但却在清朝时因参与反清复明活动被清廷镇压了，是彻底焚毁还是改名换姓，现尚被研究者争论。但可以确定的是其的确存在；南少林在福建；它留下了不同于北少林的丰富武学。明朝时期有因倭寇侵扰，南少林曾派出僧兵在福建沿海抗击倭寇，因此后有武学回流一说，即明朝南少林武学回流给北少林。