专利行政诉讼中的证据问题是：

1、行政程序中的自认在诉讼中的效力，在不受外力影响的情况下，一方当事人提供的证据，对方当事人明确表示认可的，可以认定该证据的证明效力；

2、被请求人的专利被宣告无效后的，可能要对其在无效程序中不持异议的证据提出异议，要求法院对该证据的真实性及证明效力进行审查。

【法律依据】

根据《专利法》第三条，国务院专利行政部门负责管理全国的专利工作；统一受理和审查专利申请，依法授予专利权。省、自治区、直辖市人民政府管理专利工作的部门负责本行政区域内的专利管理工作。