保密行政管理部门保密检查工作的主要职责有：制定全国保密检查工作规章制度和标准；制定全国保密检查工作计划；

组织实施涉及全国范围以及重点领域、重大专项保密检查；组织开展保密检查业务培训；指导全国的保密检查工作；县级以上地方保密行政管理部门保密检查工作。