东北行营督察处在“九三”抗战胜利后开始筹建，一九四六年三月随国民革命军东北行营至锦州，同年四月迁沈阳，为军统局在东北地区的最高领导机关。

军统局东北区区长文强(前西北区长)，副区长陈旭东。区本部设秘书、督察、会汁、译电四个室，总务、人事、情报、电讯四个科，一个直属电台、督察大队和特种问题研究委员会。

在原东北九省均设有特别组，属东北省境内的有安东、辽宁、辽北三个组；各大城市设有十一个情报组，在东北辽宁境内有大连组、鞍山组、锦州组、朝阳组、营口组、沈阳直属组及沈一组、沈二组和日韩组(设在沈阳)。

此外受该区领导的还有东北行营督察处、东北保安司令长官司令部督察处”和这两个处所属的随军组、军事谍报组，以及交通部东北特派员办公处警务组，沈阳、安东、长春、承德警备司令部督察处等公开机构。并操纵控制部分国民政府行政机构和外围组织。

一九四六年七月军统局公秘分家，该区随之改组。