按照自行办理和委托商标代理办理，商标撤三申请的流程可分两种。第一种，委托商标代理机构办理的，申请人可以自愿选择任何一家在商标局备案的商标代理机构办理。第二种，申请人直接到商标注册大厅办理的，申请人可以按照以下步骤办理：准备申请书件→在商标注册大厅受理窗口提交申请书件→在打码窗口打码→在交费窗口缴纳申请规费→查收商标局寄发的书件。