名侦探柯南与黑衣组织有关的集数（不完全统计）有以下：001《云霄飞车杀人案件》、002《董事长千金诱拐事件》、005《新干线大爆破事件》、013《奇怪的寻亲杀人事件》、043《江户川柯南诱拐事件》、048——049《外交官杀人事件》、128《黑暗组织10亿抢劫事件》、129《来自黑暗组织的女子大学。