企业制定工资支付制度的方式是：

1、企业一般不能由管理方单方制定内部的工资支付制度，需经一定的民主程序制定;

2、企业有义务将生效的内部工资支付制度告知全体职工;

3、企业应当将生效的工资支付制度报劳动保障行政部门备案。

【法律依据】

根据《工资支付暂行规定》第七条，工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。