最大的区别就在于有没有博士学历证书。单证在职博士，只要考生提交的报名资料符合学校的审核标准，这样就可以免试入学，直接参与学校的在职博士课程学习，最终拿到的是博士学位证书。双证在职博士，需要参加入学考试，而且考试是具有一定难度的，最终拿到的是博士学位证书和博士学历证书。