电瓶车闯红灯不会扣分。非机动车或行人闯红灯被当场逮住会按地方的处罚力度大小对其做出以教育为目的并以罚款的形式来做出处理。电动车属于非机动车，违反交通法规，不会扣机动车驾驶证的分数，机动车驾驶证的一切内部相关行为只适用于机动车。