银行存款赤字是提示银行存款或现金已经出现了负数。解决的办法就是，确定账务没有问题，且银行存款及现金有余额，将银行存款及现金的借方收入的凭证先输入，然后再输相关的支付费用凭证，这样就不会出现赤字了。