佳能EOS200DII具有两套自动对焦系统——在使用EVF拍摄时，相机会使用独立的对焦模块进行对焦；而当打开实时取景时，全像素双核CMOSAF功能将启动，此时相机提供了3975个可选自动对焦点，支持眼部检测对焦与智能追踪对焦，并且可通过触摸屏幕选定拍摄物体并激发快门，这些带来了十分流畅的拍摄体验。