果蝇属于节肢动物门。果蝇属于小型蝇类，体长1.5-4毫米间。虫体以黄褐色者居多，也有些是黑色的。头部有一对大而多呈鲜红色的复眼，两复眼内侧有三对眼缘刚毛，复眼间的后头中央微微隆起，形成一个单眼三角区，三个单眼的前下方生有一对单眼刚毛。

雌雄鉴别技巧

大小：雌体通常比雄体大。

形态：雌体腹部稍尖，较宽厚呈卵圆形；雄体腹部钝圆，相对窄小呈柱状。

条纹：雌体腹部背面有宽窄相近的5条；雄体腹背只有3条，上部两条窄，最后1条宽且延伸至腹部腹面，呈一明显黑斑。

性梳：果蝇胸足跗节共有5个亚节。雄蝇第一对胸足跗节的第一亚节基部有一梳状黑色鬃毛结构，即为性梳。放大100倍左右可看清这一结构。雌蝇没有性梳。性梳是鉴别雌雄共有的可靠标志。观察腹部腹面末端外生殖器结构也是分辨雌雄的简单的、可靠方法。雄蝇外生殖器色深，雌蝇色浅。