1、地理位置不同：黄冈站，位于湖北省黄冈市黄州区路口大道；黄冈东站，位于黄冈市黄州区新华路。

2、运行客车班次不同：黄冈站动车班次有2个班次，城际班次有20个班次；黄冈东站高铁班次有3个班次，动车班次有3个班次，城际班次有24个班次。

3、站台面积规模不同：黄冈站建筑面积2500平方米，站台规模是2台2线；黄冈东站建筑面积4000平方米，站台规模是2台4线。

中国铁路武汉局集团有限公司：

是中国国家铁路集团有限公司管理的18个铁路局集团有限公司之一，简称“武局”。成立于2005年5月18日，是全路实行局直管站段体制改革时新成立的铁路局，地处全国铁路网中部和地理位置中心，管辖湖北省全境、河南省南部以及安徽省部分地区铁路，是全国铁路的重要枢纽和我国中部地区、长江城市集群综合交通体系的重要组成部分。