1、列车序号区别：福州站负责始发G字头高铁、普快、快速、直达特快列车及部分D字头动车组列车；福州南站负责始发和经停东南沿海铁路的D字头动车组列车及部分经合福高铁去往上海。

2、地方位置区别：福州站位于福州市晋安区华林路502号，是福建省客流量最大的火车站，现为一等站，全路十大客运区域枢纽站之一。福州南站位于仓山区城门镇胪雷村浦道街（浦头道）自然村。

福州南站：

是中国铁路南昌局集团有限公司管辖的一等站，是中国十大区域性铁路客运交通枢纽之一，是福建省最重要的综合交通枢纽，也是福州市对外开放的重要门户。福州南站采用中轴对称、地域风格浓郁的建筑造型。站房入口位于东西向的向海轴上，设计手法开放而大气，借以表达福州海纳百川、有容乃大的城市精神；立面构图撷取传统建筑飞檐的流线型元素，与福州当地的鞍形墙形象暗合，显示出建筑的福州本土特征。