镇江南站和镇江站的主要区别是：位置不同、线路不同。

1、位置不同

镇江站在市区，运行的是沪宁城际铁路上的车次；而镇江南站距离市区很远，运行的是京沪高速铁路上的车次。

2、线路不同

镇江高铁站和镇江南站是不同的高铁站，镇江站是在沪宁城际线上的，而镇江南站是在京沪高铁线上的。并且镇江站在老火车站北面，万达广场对面，而镇江南站是在丹徒的312国道边上。