比胃镜要痛苦点，一般顺利20分钟，不顺利1小时也是有的，主要与操作者的技术有关。做肠镜需要禁食，让肠在做检查时处于空的状态，因此窥镜在进入肠之后要对肠进行充气，检查完之后，有些人无特殊反应，而有些人会有疼痛感。