沙果林那穆吉林岭东端的扎来掌。南东东流经木里盆地、江仓盆地、默勒盆地、门源盆地，在门源县克图以下逐渐转南东流，再转南流至民和县享堂与湟水汇合。大通河在默勒乡以上主要流经草原沼泽地带，河道较为顺直，河面较宽阔。默勒盆地与门源盆地之间流经山区时河道曲折，河床较窄，至门源盆地河道较宽，多分流，多心滩，河床最宽可达2000米左右。门源以下主要流经山区，河水下切强烈，深度多在200-300米，峡谷较多，峡谷最窄处河床仅20-30米。大通河从源头到汇入湟水，除下游一小段流经甘肃连城，红古地区外均在青海境内。干流先后流经天峻、刚察、祁连、门源、互助、民和6个县。先后汇入支流百余条，其中河道长度大于50公里的有永安河，其他支流均较短。干流和支流以羽状水系为主。

湟水支流，位于青海省东北部，又称浩门河，宋代在河畔筑大通城后出现今名，以长度与流量论，大通河实为湟水正源。发源于海西州木里祁连山脉东段托来南山和大通山之间的沙杲林那穆吉木岭。向东流经祁连、门源盆地及甘肃的连城、窑街， 穿流于走廊南山—冷龙岭和大通山—达坂山两大山岭之间，于民和县的享堂入湟水，总长554公里。

大通河又叫浩门河，习惯为湟水的支流，它位于托来山，冷龙岭与大通山，大坂山之间的山间谷地。