三根本是上师、本尊、空行。“上师”是从舍取究竟的佛的本质中所显现，是一切加持的根本；“本尊”是从法身寂静的本性中所显现，是成就的根本；“空行”是从无生的法性虚空中所显现，是消除障碍的根本。

这些菩萨是在修行过程中，随时随刻保护人们的伴侣。例如修行的智慧不够时，要依赖的文殊菩萨，或是遭逢困厄时救苦救难的观音菩萨。虽然人们看不见，但是他们时时刻刻在帮助我们，让人们的善心、信心越来越增长，虔诚不退转。