新生儿医保卡在体检的时候，是可以用于支付体检费用的。但新生儿体检收费项目不在医保报销的范围之内，因此新生儿医保卡不能报销体检费用。如果新生儿住院，在住院过程中一些必要的检查费用，这种属于治疗费用，医保卡是可以报销的。而个人体检的大部分项目，医保都是不报销的。

目前有针对婴幼儿体检推出的婴幼儿体检卡，该卡享受补贴，并可以用于检查身高、体重、血常规等基础项目。