元朝管理西藏的机构是设置总制院（后改称“宣政院”），直接管理西藏地区军政要务。作为管理西藏的中央机构。宣政院掌管西藏地方的军事、行政、司法和宗教等各项事务，是西藏和其他藏区的最高管理机构。西藏地方官员的举荐、任用以及在西藏地方调解纠纷、审理案件，完善驿站体系、实施户口调查等等，都是在宣政院的主持下进行的。