肺炎疫情公司复工证明的申请流程是：

公司申请复工申请需要如实填报，根据经营营业场所等不同情况载明申请事由，并承诺如实申请，自觉遵守当前各级有关疫情防控政策及国家法律法规，在向当地相关管理部门进行申报。