招标人与中标人对双方签订的中标合同实质性内容不能进行变更。

在有关法律条文中，并未对哪些属于实质性内容以及变更多少属于实质性变更进行规定。而违约条款往往是在出现争议解决时候使用的，并不属于商务条款，在不损害第三人利益的条件下，经双方协商一致，可以予以修改。

【法律依据】

根据《中华人民共和国招标投标法》第46条规定：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。