聚六亚甲基双胍的危害接触到肌肤会导致化学过敏问题，聚六亚甲基双胍盐酸盐主要作为原料药加工成其他药品，或作为消毒防腐剂使用。聚六亚甲基双胍盐酸盐是一个新型的抗菌物质，广谱抗菌，抗菌效果明显，对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、真菌（多种癣菌和霉菌）和酵母菌均具有杀伤能力。