锦衣卫和六扇门相比应该是锦衣卫更加厉害，锦衣卫一开始是帝王的12个禁卫军其中一个，主要负责保护京城的安全，但是御林军全军负责的是帝王出行的保护。

锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。