民间借贷纠纷证据的举证方式是：

1、证明当事人诉讼主体资格的证据，当事人为自然人的，应提交其身份证明资料，如身份证或户口本等；

2、证明借款关系存在的证据，例如借款合同、借款协议、借条等；

3、证明已偿还借款的证据，例如收条或各次还本付息的付款凭证；

4、诉讼请求金额的计算依据，提供诉讼请求中关于要求计付本金及利息数额的计算清单。

【法律依据】

根据《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二条，出借人向人民法院起诉时，应当提供借据、收据、欠条等债权凭证以及其他能够证明借贷法律关系存在的证据。