工程款纠纷案由其实就是指工程款纠纷中所涉及的法律关系的性质问题。

在处理工程款纠纷时应该注意：黑白合同以中标备案合同的计价标准为结算依据;拖欠工程款应计利息;拖欠工程款可顺延工期，但承包人必须事先发过书面催告。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第21条规定，合同对拖欠工程款利息没有约定，发包人应当按照中国人民银行发布同期同类贷款利率向承包人支付拖欠工程款利息。利息自约定付款次日起算。没有约定付款时间或者按照约定难以确定付款时间的，利息自合同约定的工程款结算之日起算。难以确定工程款结算时间的，以工程交付次日起算。