真核细胞型微生物、原核细胞型微生物、非细胞型微生物。真核细胞型微生物的细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体；胞质内有完整的细胞器（如内质网、核糖体及线粒体等）。真菌属于此类型微生物。

原核细胞型微生物的细胞核分化程度低，仅有原始核质，没有核膜与核仁；细胞器不很完善。