南通高新区不属于哪个区，高新区归市政府直接领导。

南通国家高新技术产业开发区（原通州经济开发区）创建于1992年，南通高新技术产业开发区管委会为南通市人民政府派出机构。

至2017年底，南通市区有崇川区、港闸区、通州区和富民港办事处（与南通经济技术开发区管委会合署办公），下辖海安县（2018年撤县建市）、如东县、启东市、如皋市、海门市。